ซีซาร์กับพวกหนีรอดมาได้หลังเหตุการณ์ปะทะที่สะพานโกลเด้นเกต และหลบเข้าไปในป่ามิวร์วูด ฝูงวานรหวังว่าจะได้ใช้ชีวิตให้อยู่ห่างไกลจากพวกมนุษย์ และสร้างบ้านที่สงบสุขของพวกมัน แต่มนุษยชาติกำลังประสบกับโรคระบาดร้ายแรง “ไข้หวัดลิง” เริ่มแพร่กระจายไปทั่วซานฟรานซิสโก ผู้คนเสียชีวิตเป็นจำนวนมาก ฝูงวานรเป็นเป้าหมายของความโกรธแค้น และเป็นหนทางเดียวในการคิดค้นยารักษา หากมนุษย์หาซีซาร์ไม่พบ ไวรัสมรณะคงทำลายล้างมนุษยชาติจนหมดสิ้น